Окончил театроведческий факультет Государственного института театрального искусства им. Луначарского по специальности «театровед-исследователь». Начинал как сценарист в телевизионной программе «Матадор» Константина Эрнста на Первом канале, затем работал в одноимённом журнале. С 1996 года работал в издательском доме «Коммерсантъ» (журналы «Столица» и «Автопилот», позднее, вплоть до октября 2006 года — специальный корреспондент). Несмотря на заикание, в 1999—2001 годах по выходным вёл на «Нашем радио» вечернее шоу «Клиника 22» вместе с Юрием Сапрыкиным (основателем и главным редактором журнала «Афиша»). Вёл постоянную рубрику в «Газета.ру», за которую был удостоен премии «Золотое перо России». В 2005 году опубликовал сборник рассказов и эссе «Незаметная вещь», а в следующем году увидела свет его книга «Михаил Ходорковский. Узник тишины», посвящённая бывшему главе российской нефтяной компании ЮКОС. В 2006—2007 годах непродолжительное время был шеф-редактором журнала «Gala». В августе 2007 года состоялся инцидент с милицией, которая подозревала Панюшкина в экстремизме.Работал в российском журнале The New Times, газете «Ведомости» и журнале «Сноб». В настоящее время ведёт собственную передачу на канале «Дождь».